1929 zog Stankowski nach Zürich und arbeitete im angesehenen Werbeatelier von Max Dalang. Dort entwickelte er seine neue foto- und typografische Herangehensweise, die als "konstruktive Grafik" bekannt wurde. In Zürich bildete sich ein kultureller Kreis, zu dem Freunde wie Richard Paul Lohse, Heiri Steiner, Hans Neuburg sowie Hans Coray, Hans Fischli, Herbert Matter, Ernst A. Heiniger, Verena Loewensberg, Max Bill und andere gehörten, der intensiven Austausch pflegte. Während dieser Zeit vervollständigte Stankowski seine berühmte "Gestaltungslehre", in der er grundlegende Ausdrucksformen entwickelte.

1934 wurde Stankowski die Aufenthaltsgenehmigung entzogen und er musste die Schweiz verlassen, was auch ein Arbeitsverbot dort bedeutete. Trotzdem arbeitete er anonym für Schweizer Auftraggeber weiter, bis er 1938 nach Stuttgart zog und sich als Grafiker selbständig machte. Während des Zweiten Weltkriegs diente er als Soldat und geriet gegen Kriegsende in sowjetische Gefangenschaft, aus der er 1948 zurückkehrte. Anschließend arbeitete er als Schriftleiter, Grafiker und Fotograf für die "Stuttgarter Illustrierte".

1951 gründete Stankowski sein eigenes grafisches Atelier auf dem Killesberg. In Stuttgart entstand ein neuer Kreis von Künstlern und Gestaltern, darunter Willi Baumeister, Max Bense, Walter Cantz, Egon Eiermann, Mia Seeger und andere. Stankowskis Arbeiten im Grafik-Design für Unternehmen wie IBM, SEL usw., insbesondere die "funktionelle Grafik", wurden beispielhaft. In den 1960er Jahren schuf er das legendäre "Berlin-Layout" und entwarf die Wortmarken für Signal Iduna und Viessmann.

1964 wurden Stankowskis Arbeiten auf der documenta III in Kassel in der Abteilung Graphik gezeigt, und er unterrichtete als Gastdozent in Ulm an der Hochschule für Gestaltung. In den 1970er Jahren entwarf er bekannte Logos wie das der Deutschen Bank und der Münchener Rückversicherungs-Gesellschaft. 1972 trat Karl Duschek in sein Grafisches Atelier ein, das später als Stankowski + Duschek bekannt wurde und bis zu Stankowskis Tod 2011 geleitet wurde.

Ab den 1970er Jahren widmete sich Stankowski vermehrt der Malerei, ohne dabei die Trennung zwischen freier und angewandter Kunst zu beachten. Er betonte: "Ob Kunst oder Design ist egal. Nur gut muss es sein." Seine fotografischen und malerischen Werke flossen in seine grafische Arbeit ein.

1983 war er Mitbegründer der Künstlervereinigung Konstruktive Tendenzen und wurde als Nestor der konstruktiv-konkreten Kunst angesehen. Sein bildnerisches Werk zeigte eine Kontinuität von den späten 1920er Jahren bis zu seinem Tod, ebenso wie seine Ausstellungstätigkeit in den Bereichen Grafik, Malerei und Fotografie ab 1928.

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